在繁华的20世纪80年代纽约，木偶艺人文森特（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 饰）的世界在儿子埃德加失踪的那一刻彻底崩塌。他沉浸在无尽的绝望和自责中，每个日夜都在苦苦寻找那个曾经欢声笑语的家。

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该

玛莉亚姆与她的弟弟以及母亲法里哈共同居住在巴基斯坦卡拉奇的一间狭小公寓里。当玛莉亚姆的外公离世后，外公的弟弟试图迫使她们将公寓转让给他。因为缺少健全的对女性财产权的保护机制，这在巴基斯坦相当常见。玛莉亚姆的母亲受到丧父之痛和孤独的双重打击，无法理智地做出判断。玛莉亚姆对母亲的昏庸之举忿忿不平。此时，她与同学暗生情愫，并从中得到慰藉。然而，当他们的关系出现意想不到的变化时，玛莉亚姆开始深陷噩梦之中。与此同时，她的母亲被困于强势的叔叔和复杂的法律体系之间，完全忽视了女儿日渐糟糕的精神状态。玛莉亚姆的噩梦逐渐与现实交错。母女必须团结一致，才能最终战胜那些即要吞噬她们的亦真亦假的力量。